Министерство магии представляет собой невыборный орган управления, в компетенции которого находится Магическое Сообщество. Во главе Министерства находится министр магии, обладающий исполнительной, законодательной и судебной властью. И министр магии, и Министерство в целом являются очень восприимчивыми и зависимыми от мнения Сообщества, на которое они стремятся повлиять посредством магической прессы, в частности газеты «Ежедневный Пророк».
Кроме премьер-министра маглов, о существовании Министерства магии не известно ни одному маглу. Министр магии представляется каждому новому премьер-министру маглов, периодически посещает его и информирует о событиях Магического Сообщества, которые в той или иной степени могут затронуть мир маглов. Министерство магии поддерживает связь с британским премьер-министром через портрет в его кабинете, на котором изображённый человечек информирует премьер-министра о прибытии министра магии.[1] Этот портрет не может быть снят со стены.
Министерство магии состоит из главных отделов и множества подразделений, занимающихся различными аспектами волшебного мира. Связь между отделами осуществляется с помощью бумажных самолётиков — служебных записок на сиреневой бумаге, направляющихся в нужный отдел.
В структуре управления Министерства отсутствует чёткое разделение властей, что необычно для большинства демократических государств. Однако такая структура не противоречит организации британского Парламента, где судебные лорды, сидящие в Палате лордов и действующие как последняя судебная инстанция, также являются членами законодательного органа.
Что касается судебной системы, то она весьма подвержена политическому влиянию. Однако все упомянутые в книгах судебные слушания происходили в периоды социального волнения, что может являться отражением деятельности реальных правительств. Тем не менее, магические судебные органы проявляют заметное отсутствие интереса в наличии улик, подтверждающих вину или невиновность подозреваемого, и часто основываются на личных предубеждениях в вынесении приговора (в частности стремятся рассмотреть слушание как можно скорее). Начать работать в Министерстве может волшебник, получивший полное магическое образование.
Ниже приводится список известных министров магии и даты занятия ими этой должности:
    * Артемисия Лафкин (1798—1811)
    * Гроган Стамп (1811—1819)
    * Фэрис Спэвин (1865—1903)
    * Нобби Лич (1962—1968)
    * Миллисент Багнолд (1980—1990)
    * Корнелиус Фадж (1990—1996)
    * Руфус Скримджер (1996—1997)
    * Пий Толстоватый (1997—1998)
    * Кингсли Бруствер (1998—в должности)
Руководящие чиновники:
    * Старший заместитель министра — пост, который занимала Долорес Амбридж до своего ареста за преступления против полукровок. Точная степень власти, которой обладает старший замминистра, неизвестна, однако тот факт, что ему позволено присутствовать на слушаниях Визенгамота наряду с министром и главой Отдела обеспечения магического правопорядка, позволяет предположить, что это очень высокая должность.
    * Младший заместитель министра — пост, который занял Перси Уизли после окончания Хогвартса.
    * Главы отделов. Эти сотрудники министерства отвечают за деятельность подвластных им отделов. Пост главы Отдела обеспечения магического правопорядка кажется самым главным и самым престижным, так как является одним из основных компонентов порядка преемственности должности министра.
    * Верховный чародей Визенгамота — должность, занимаемая Альбусом Дамблдором. Верховный чародей является независимым от Министерства и не имеет вышестоящего начальства, однако за министром остаётся право назначать Верховного чародея или снимать с должности.
    * Президент Международной конфедерации магов — ещё один пост, занимаемый Альбусом Дамблдором. Так как Международная конфедерация магов предположительно является аналогом ООН, эту должность можно рассматривать как должность Генерального секретаря ООН. Если это так, то президент конфедерации магов должен быть независимым от контроля Министерства, однако тот факт, что Дамблдора бесцеремонно сместили с этой должности, доказывает существенное влияние министра на конфедерацию.